语言模型在生物研究中的应用
Information
Language models for biological research: a primer
Author:Elana Simon, Kyle Swanson & James Zou
Jounal:Nature Methods
Year:2024
Methods and Backgrounds
Language Model: 语言模型可以学习序列中的复杂模式，例如句子中的单词和蛋白质中的氨基酸。由于这些模型大多是在异构序列集合上训练的，因此它们可以学习灵活的模式，并且可以适应性解决各种特定问题。由于其适应性，因此通常作为支持广泛下游应用程序的基础模型。其训练过程往往包括预训练和微调两个部分，其中对更大的数据集进行预训练(无监督)为模型提供了对数据的基本理解，从而能够在微调期间更有效地学习新目标。
Abstract本文旨在介绍、回顾语言模型(基于Transformer架构)在生物学研究中的作用，其中预训练模型通过三种常见方法被用于研究：1.直接预测；2.embedding分析；3. ...
RNA-seq分析流程
记录一下学习RNA-seq分析的过程，整体流程参考，可能会补充一些其他的资料：
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refer a:hover { color: blue;}</style>
RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建
RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗
RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon
RNA-seq入门实战（三）：从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵
RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查
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RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略
RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集 ...
欢迎光临Eddie的blog
Welcome to Eddie’s blog!本博客基于Hexo+Github搭建，采用butterfly主题样式。由于能力受限，做的很丑hhhh这是我的第一篇博客，也可能没有第二篇如果有第二篇的话，那就有吧hhh希望有机会能在上面分享我的学习记录（仅代表个人的理解，可能希望对大家有帮助，也有可能误导大家笑死）
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记录一下学习RNA-seq分析的过程，整体流程参考，可能会补充一些其他的资料：
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